Wuusgewijs

Constanly changing interfaces

2016-04-16T01:11:00.000+02:00

I don't do blog posts often but i definitely feel the need to write this down.

Why do search interfaces change all the time, and so all of a sudden. People get used to working in a certain way, manuals are adapted to that, with convenient screen shots, sometimes even journal articles are written explaining steps to take (I am currently in the process of writing several). And then all of a sudden a database provider changes the interface of their database completely.

Today embase.com changed the interface of their thesaurus, emtree. I must say I am a big fan of embase.com, I could not do my job the way I do it without them, and their up until now great interface and relevance ranking.

An important part of my method, which is the topic of my upcoming thesis is collecting thesaurus terms and synonyms from the databases into a word document. Now in the first version of emtree that was there when I developed my method we could easily copy emtree terms. A few months ago they made some change, which make it much harder to copy terms, but I guess we could live with it, if that is what their users want.

Now today they really messed up. Terms can almost only be combined using the interface, synonyms are much harder to find (requiring many extra clicks), and worst of all emtree terms can only be searched using the exact given synonyms in the database. Searching for a part of the term that is not the beginning of the term does not retrieve that term (such as effectiveness does not retrieve clinical effectiveness, program effectiveness like it used to.

I can live with changes in databases if they change for the better, but this is making life much more complicated! Embase is in my opinion not a tool that is used a lot by end users answering clinical question, they use PubMed, no matter what embase does. Embase is used by information specialists in writing systematic reviews, and by medical docters who are more advanced searchers (have done a workshop on using embase).

I am thinking of switching to Ovid (never thought that would happen!)

De logica van de NS met aansluitende treinen : gebruik eens logs van ns.nl!

2013-09-11T09:24:00.001+02:00

Ik kan me er zo aan ergeren dat een willekeurige aansluitende trein wordt omgeroepen bij aankomst op een station.

Vanochtend kwam ik aan met de 8:40 (gepland, hij was iets te laat) IC uit Gouda op Rotterdam CS. Daar werd doodleuk omgeroepen dat om 9:15! de sprinter naar Breda zou vertrekken van spoor 7.

Deze trein is de eerste verbinding naar Lage Zwaluwe en Breda-Prinsenbeek. De overige stations van deze trein worden allemaal door andere treinen sneller bereikt.

Mensen die in Lage Zwaluwe of Breda-Prinsenbeek moeten zijn, zullen vast geen overstap van meer dan 30 minuten inplannen, als je uit Utrecht komt neem je de trein van een half uur later, en als je uit Groningen komt, kun je de trein die een kwartier later aankomt nemen.

Waarom in vredesnaam dan deze omroep! Kan de NS dat zelf niet uit de log van de reisplanner op ns.nl destilleren wat de meest opgevraagde overstap is van deze trein? Dat moet toch beter kunnen.

Editors refuse to link an original article to a reply

2013-08-16T16:53:00.001+02:00

A few months ago I wrote a reply to an article that has been published in the Breast. The original authors performed a meta-analysis without a proper search (they only searched PubMed, with very limited keywords, and instead included articles that did not meat the inclusion criteria).

Our reply was published in print before the original article. However, the original article was published with no mention of our reply, nor did the authors respond to our findings.

What followed were numerous e-mails to the editors and journal managers of the journal, to this date with no effect. They keep saying they cannot add a link to our reply to the original article as it has already been published. However, our article was published in print half a year before the original, so they must have had enough time to sort this out.

Replies are always written after the publication of the original article, how else could on opinion be formed? The original article should always be linked to the known replies, and published replies should always be answered by the original authors.

Or am I wrong?

Peer review by BMC gone really bad!

2013-03-05T16:19:00.006+01:00

A recent article by Jean-Francois Gehanno et al in BMC Medical Informatics and Decision Making already gained a lot of attention, and may I say not in a positive way. The authors found all references from published systematic reviews in Google Scholar, and therefor concluded that 'if the authors of the 29 systematic reviews had used only GS, no reference would have been missed'.

When I investigated this deeper I ran across the peer reviewers' comments, and found out that they were not all that enthousiast either.

The peer review process

I wanted to write a comment to the journal, but other comments had already been sent with equal contents, so I did not do that. But when I investigated the proces a bit more I came across some interesting points in the peer review process.

On the BMC website you can review the prepublication history of this article. One of the reviewers (Miguel García-Pérez) concludes that 'No revision (major, minor, or discretionary) will save this work'. Reviewer number 2 (Henrik von Wehrden) only comments: 'Great job on that short yet highly interesting manuscript'. Of course the authors agree with reviewer von Wehrden and only apply those minor changes that he deems necessary.

The different opinions of the reviewers can be traced back to their background. MA Garcia-Perez has written 8 reviews according to Pubmed, H von Wehrden 0. If you are not experienced in writing systematic reviews how can you have an informed opinion on this topic.

Now what would you expect an editor of the journal to do? If two reviewers so strongly disagree you need to have a third independent opinion. The editors decide to publish this article without further reviewing.

What would a per reviewer with lots of Systematic Review experience be able to tell the editors?

When searching Google scholar your search is limited to 256 characters. Most searches for systematic reviews are very long and complex and do not fit
Because you cannot truncate, nor use a controlled vocabulary using google scholar you would need much more word variants than in a regular database, thus exceeding the 256 limits far more easy
You can only view the first 1000 hits, based on the relevance ranking of scholar
You cannot export your complete resultset, but only per record.
You cannot replicate your search, another reviewer might find completely other results
You cannot be sure what the contents at the search date were because you cannot limit your google scholar search to a certain date.
etc etc etc

So there's no discussion this paper is not very useful and helpful. In stead: if managers of large academic hospitals read this they might be tempted to drop all budget for expensive search engines, because everyone can find everything in google. Or reviewers might be tempted to only use google scholar for their searches, because eveything is in there.

That would be the only way to test if google scholar can replace all other databases: by performing two systematic reviews at the same time on the same topic: one using all databases that are regularly used, and one using google scholar, and then compare the quality.

So in stead of using only google scholar, we information specialist stick to our primary databases: PubMed, embase, cochrane etc. Only those can give a complete and systematic overview of the literature on a certain topic.

Hausner - text mining tools (CEC A3 #eahil2012)

2012-07-18T09:49:00.001+02:00

Elke Hausner - IQWIG (Duitsland)

(information specialist)

iqwig doet text analysis voor alle databases door elkaar en dan per database ook nog speciaal voor de trefwoorden.

makkelijke tools om te gebruiken:

EndNote

terms list kun je gebruiken voor frequency counts, ook mogelijk om meerder velden te combineren, bijvoorbeeld ti,ab,kw samen.

IQWIG gebruiken ze endnote om keywords in analyseren.

text analysis is only as good as the references you analyze.

divide set in two sets. randomly. elke soms al met kleine sets, 40-50 is eigenlijk wel redelijk genoeg.

randomizer recordnumbers: www.randomizer.org te gebruiken om in endnote te randomiseren (maar voor erg grote aantallen en ontbrekende recordnummers niet goed mee te werken).

endnote > tools > bibliography kun je exporteren een frequency count naar excel, maar je moet dan nog wel zelf bekijken welke trefwoorden je wilt gebruiken.

tips voor pubreminer: zet word analyse om in ti_ab en niet ook met tw veld. pubreminer ook handig voor mesh terms, maar elke doet dat nu in endnote.

ANTCONC (freeware)

om de meest voorkomende vrije tekst woorden te analyseren. makkelijk in gebruik, vereist niet veel technische kennis.

vraag om toestemming als je het in een organisatie wilt gebruiken, Laurence Anthony heeft het ontwikkeld. welke woorden staan links en rechts van een bepaald woord, concordance tool.

start in endnote, exporteer referenties naar ANTconc, (tekst in meerder bestanden gesplitst met textwedge). vandaaruit ga je naar excel, en dat check je met OvidSP (MedLine)

vanuit excel kijk je welke woorden mogelijk interessant zijn, die woorden bekijk je in AntConc om te zien welke woorden er voor of achter staan, en neemt dat weer mee naar excel.

output van endnote in title abstract achter elkaar, met regeleinde, textwedge breekt ze uit elkaar in verschillende tekstbestanden met steeds een record per bestand.

voegt en extra spatie in in plaats van de leestekens.

bekijken van een woord dat je interessant vindt, welke woorden je vindt links en rechts ervan. handmatig per woord. kost wel veel tijd, en lastig dat niet automatisch gebeurt.

antconc analyseert de frequentie in zijn geheel, maar niet per record. als een record een bepaalde term heel vaak bevat wordt het heel vaak meegetelt. de frequentie gaat niet over hoeveel artikelen een bepaald woord bevatten, maar over hoevaak een woord voorkomt in het geheel van alle teksten.dat is eigenlijk dan de verkeerde analyse.

wordstat

doet aan wordstemming, AntConc niet.

kost wel geld: tussen 1000-2000 euro. julie glanville werkt altijd met wordstat.

SimStat / WordStat, net als R een statisch pakket.

handig is dat je geen text files hoeft te splitten.

population set importeren in wordstat gaat heel snel, itt tm.

demo versie die je 30 dagen zou kunnen gebruiken. grafische interface werk toch niet zo fijn als elke had gehoopt, niet zo goed als gedacht.

tm in R

is gratis, maar erg gecompliceerd.

R is een statistiek programma. Biostatistiek kent het bij ons vast wel. De ontwikkelaar gebruikt het niet op de manier waarop IQKIG gebruikt wordt, zijn enthousiaste mensen nodig. om er aan te werken.

lastig om te leren, met command line, geen user interface

wordt constant geupdate (open source software)

identifying overrepresented terms, en removing irrelevant terms.

tinn-R text editor om de command lines in te voeren.

wat tm wel doet is de frequency per article, not in total

random sample niet in het systeem gezet, maar zelf gecreeerd met pubmed, alles van een bepaalde tijd downloaden en bioinformatica of biostatistiek vragen daar een random sample van te nemen. duurt wel lang om in te lezen.

sorteren op sensitivity in population set, omgekeerd, welke woorden komen maar heel weinig voor? maar komen wel vaak voor in onze ontwikkelset?

tm kan geen phrases herkennen. vanuit tm ga ja dan nog naar antconc voor de phrases.

theoretisch verhaal

wat is een test set: gouden standaard om een strategy te genereren en om te valideren.

handmatig doorzoeken, kost wel tijd, en de reviewer is daar veel tijd mee bezig.

maar alternatief (jenkins, 2004, health info lib):

zoek naar systematic reviews, en gebruik daar de includes van

of gebruik de related articles van een aantal key articles in pubmed.

amstar oxman & guyat index: checklist gevalideerd voor kwaliteit van SR

pubmed verrast me weer eens: ATM op mesh terms niet tussen quotes

2012-07-18T09:48:00.003+02:00

Ik kwam er gisteren achter dat pubmed weer eens iets veranderd heeft, wat volgens mij nog niet zo was.

Ik heb vaak als voorbeeld tegen ATM een zoekactie naar kenmerken van rode bloed cellen. met red blood cells vind je teveel ruis (vanwege de explode van erythrocytes en erythrocyte count, met red blood cell* mis je teveel, dus ik zeg altijd gebruik

erythrocytes[mesh:noexp] OR erythrocyte*[tiab] OR red blood cell*[tiab]

Nu kwam daar gisteren in de cursus door dat ik het via de mesh opbouwde quotes om de mesh term te staan, een cursist vroeg of dat uitmaakte, ik zeg nee hoor. DUS WEL!

"erythrocytes"[mesh:noexp] OR erythrocyte*[tiab] OR red blood cell*[tiab] 197070
erythrocytes[mesh:noexp] OR erythrocyte*[tiab] OR red blood cell*[tiab] 202355

Wat gebeurt er: erythrocytes[mesh:noexp] wordt vertaald in: "erythrocytes"[MeSH Terms:noexp] OR "erythrocyte count"[MeSH Terms:noexp]
En laten we nou juist die erythrocyte count willen vermijden, omdat het hier om eigenschappen van rode bloed cellen ging, en niet om eigenschappen van patienten.

In een vergelijkbaar geval wordt
dementia[mesh:noexp] vertaald in ("dementia"[MeSH Terms:noexp] OR "alzheimer disease"[MeSH Terms:noexp])

Ik zeg in mijn PubMed cursussen altijd dat wanneer je veldnamen gebruikt dat dan geen ATM wordt uitgevoerd, maar dat blijkt dus niet zo te zijn, terwijl ik altijd zeg dat je geen quotes nodig hebt om frases bij elkaar te houden omdat als je veldnamen gebruikt en truncatie automatisch de phrase bij elkaar wordt gehouden, maar moet er weer een extra uitzondering bij opnemen
(naast die uitzondering van de mesh term die haakjes bevat, zoals "handling (psychology)"[mesh], 1675 hits, waar je als je geen quotes gebruikt zoekt op handling[all fields] AND psychology[allfields] AND mesh[all fields], 6 hits)

N.B. Als ik nog vollediger zou willen zijn kom ik overigens meer op
"erythrocytes"[mesh:noexp] OR erythrocyte*[tiab] OR red blood cell*[tiab] OR red bloodcell*[tiab] OR (((RBC[tiab] OR RBCs[tiab]) AND blood[tiab]) NOT RBC count*[tiab]) uit, maar dat wordt toch wat ingewikkeld voor de cursisten, hoewel ik de verschillende elementen allemaal wel uitleg

web&z - 12 juni 2012 - Medisch Centrum Alkmaar

2012-06-13T15:44:00.000+02:00

(aantekeningen zijn meteen op eigen situatie toegepast)

Marjan Bakker - MCL
bibliotheek in foreest medical school, grotere afstand minder toegankelijk voor de clinici. ook iets om rekening mee te houden in rotterdam.

Alice Lugthart - docent verpleegkunde
geeft workshops aan vakdocenten.
boekje : Karin de Galan: 'van deskundige naar trainer'
deskundige wil in zijn rol als trainer vaak heel veel vertellen, alles wat in je rugzak zit, en toehoorders haken af, omdat het hun boven de pet gaat.
confronteren met moeilijke situatie: wetenschapper denkt: ik kan al zoeken, dus ben niet geinteresseerd. verleiden om te willen leren.
voor ons: begeleiden bij opdrachten: ter plekke zoeken in databases terwijl informatiespecialisten erbij rondlopen en vragen beantwoorden.
op een andere manier lesgeven levert veel meer betrokkenheid op bij de lessen. groepsgrootte max 15 man, gemiddeld zo'n 10 personen. verpleegkundigen laten zoeken met pubmed blijft lastig. zijn huiverig om engels te lezen, google is veel makkelijker.
Idee: in de uitnodigingen al aangeven wat de 'glijbaan' is (mensen meenemen en uitleggen waarom voor hen deze cursus interessant is). ook differentieren tussen de verschillende doelgroepen.

Bianca Kramer - zoekactie CATs
Zoekvraag: 'Wat zijn de belangrijkste risicofactoren voor het optreden van complicaties bij zwangeren met pre-eclampsie?'
Bianca krijgt veel prognostische vragen. veel voor syst revs. zijn die clinical queries in pubmed bruikbaar? met een therapeutische pico neem je nooit de O mee, dat geeft bias.
Doen: maak overzicht wanneer gebruik je welke onderdelen. PO met M etc?

Olga van Dijk - ELO PubMed
ELO's bieden mogelijkheden om in eigen leerstijl te werken. eerst theorie of direct aan de slag met opdrachten. systeem: PulseWeb. bedoeld voor co-assistenten: waar vind ik mesh, hoe zoeken in title abstract, (co's komen vooral uit Groningen, hoe wordt daar het onderwijs gegeven? kan ook zijn dat groningen alleen op OvidSP Medline gericht is)
Kunnen wij de ELO niet opnemen in onze basis cursussen, zodat iedereen hetzelfde instap niveau heeft op dat vlak?
MCL werkt op die manier, iedereen die een cursus doet moet deze ELO hebben doorlopen. moet je het wel opnemen in je eigen pulseweb systeem, of uitwisselen van scorm bestanden.
Nadenken voor ons: is dan hebben PhD's die dat dan volgen niet het idee dat ze nu al alles weten over PubMed? en komen ze dan nog wel naar de echte cursus?
Belangrijke vraag is: kun je het ook sneller doorlopen als je al veel kennis hebt, kun je meteen de toets doen om te kijken wat je niveau is, en krijg je dan heel gericht tips: volg dit nog een keer. Dat lijkt mij een belangrijk punt voor inbedding in Erasmus MC werkwijze.
screencast filmpjes gemaakt. voor ons ook een idee!
Op medischonderwijs.nl PubMed-toets van waleus.

René Otten - CAT richtlijnen

CCMS voorschriften. Bij VU gebruikelijk om iedereen die een CAT doet bij een clinical librarian langskomt. CCMS (10 specialisten) gaat kader aangeven voor CATs, maar daarbij is geen clinical librarian bij betrokken. We gaan een A4tje doorgeven aan die 10 specialisten (met toestemming van de cambin)

Hans Ket - Artikel Hoogendam
JMLA (PMC tijdschrift)
Alice Tillema heeft er aan meegewerkt en staat in de acknowledgements. maar slechts zeer beperkt, ze was niet betrokken bij de PubMed of PICO instructies.
vergelijking tusseen een PICO zoekactie en een ongeorganiseerde zoekactie zoals artsen die niet door ons zijn opgeleid doen. conclusies lijken te zeggen dat het niet uitmaakt of je pico doet of niet.
verkeerde conclusies: je moet pico niet je zoektermen laten bepalen, dat weten wij al lang. veel kritiek op te leveren.
recall en precision ook opnemen in je systematische zoekactie cursussen. recall is het percentage van de gouden standaard, dat je hebt gevonden. precision is verhouding tussen het aantal treffers en het aantal relevante treffers.
evidence based searching. hans wil daar een artikel over schrijven. wat is goed zoeken, hoeveel tijd, hoeveel bronnen, welke zoektechnieken.

René Otten - review cursus wiki
in het verleden was er een wiki afgeschermd. nu gratis toegankelijk op webcursus.ubvu.nl (nog niet, komt). helemaal engelstalig.
idee: kan wos of scopus niet bekijken hoeveel artikelen uit een set een bepaald artikel selecteren, en daarop soreteren

Jacueline Limpens - Filters voor SR's
elke database heeft zijn eigen index termen, pubmed filters niet een op een naar embase verplaatsen
drie generaties filters:
1 subjectief bepaald door informatiespecialist of onderzoeker
2 getest op een set
3 een bepaalde set artikelen analyseren welke termen het meest discriminerend zijn, en deze ook weer testen op een ander gouden standaard
Jenkins, 2004
het is niet zozeer dat de 3e generatie beter is dan de 1e. want voor voor systematic reviews wil je sensitivity maximisers (alle relevante liteartuur). voor CATs juist precision maximisers: NNR (Number Needed to Read) verminderen
Cochrane RCT filters geven wel veel ruis, vroeger veel gebruikt, nu niet meer zo. Zijn in principe vooral subjectief gevonden, en werkte eigenlijk wel goed, pas later gevalideerd
hoe valideren: 160 journals voor het jaar 2000 handmatig doorgenomen. en vergelijken
objectieve filters houden vaak geen rekening met explosie en zinnen, maar enkele woorden
validatie is geen toverwoord, gevalideerd wil niet zeggen dat je het niet moet aanpassen.
het maakt uit waar je het op test en hoe je het vergelijkt. bekijk ook het doel van de filters. verandert ook in de tijd, want mesh termen veranderen.
in pubmed nu ook trial registrernumber opgenomen. als je trials zoekt ook dat meenemen, als iets een registratienummer heeft is het een trial.

als je zoekt voor een SR, gebruik je dan een filter, en zo ja welk?
NOT mag je wel gebruiken, maar je moet het kunnen verantwoorden.
Ook cochrane searches bevatten soms heel slechte zoekacties.
acknowledgements of co-auteur: wanneer zoekacties langer duren dan 2-3 dagen. een middag of dag is gratis service, als je er veel aan bijdraagt ben je mede-auteur (dan schrijf je ook de materialen en methoden)

eerst filter voor SR's om te kijken wat anderen daar al voor hebben gedaan, daarna filter voor individuele trials HSSS van cochrane, maar soms ook andere typen vraag bij SR filter, wil ik alleen SR's vinden, of alle geaggregeerde evidence?
SIGN filter
probleem is dat een bepaald aspect vaak niet in het abstract wordt opgenomen. maar wel uitkomst is bij een RCT. daarom dan dat element achterwege laten en dan RCT's filteren.

aantal hits
wees niet bang voor 1000-5000 hits.
tip: zeg 1000 titels screen je tijdens ajax feyenoord, maar 1000 records minder geven kost ons een dag extra tijd.
zoekfilters staan op intertasc
Binnen AMC zoekacties zijn zoekacties verzameld op het intranet en wanneer je op de link klinkt kom je meteen op de pubmed zoekactie
goede intake met de aanvrager is waardevol, is het een prognistische vraag of een therapeutische vraag of harm etc...

voor aanvullingen naast MedLine uit PubMed gebruik je beter AND publisher[sb] in plaats van NOT medline[sb], want anders teveel ruis met oude artikelen

--mededelingen--
cursus didactische vaardigheden aan de VU komend najaar.

Zoeken in OvidSP met .mp. is niet gelijk aan [tw] in PubMed

2012-05-23T17:11:00.000+02:00

Mijn collega's werkten altijd met PubMed. Ik ben me daar de laatste tijd zo aan gaan ergeren dat ik de stap heb gemaakt naar Medline via OvidSP. Ik mis daar echter een goed veld voor mijn veel gebruikte [tw]. Ik geen daar de voorkeur aan boven [mesh] en [tiab] omdat het vaak korter is en niet veel ruis oplevert.

Een verschil tussen .mp. en [tw] in PubMed is dat in .mp. geen subheadings zijn meegenomen, terwijl dat in [tw] wel het geval is.

ik vergelijk nu deze (vlug samengestelde, dus niet te nauw bekijken) zoekacties met elkaar:

Medline Ovidsp 66
(((("Human papilloma" or wart* or condyloma* or verruca*) adj3 (virus* or viral)) or HPV* or "Human papillomavir*" OR Alphapapillomavir*) and Protein* and Immunogen* and (synthes* or design*)).mp.

PubMed 75
(Human papilloma vir*[tw] OR wart vir*[tw] OR condyloma vir*[tw] OR verruca vir*[tw] OR verruca vulgaris vir*[tw] OR Human papillomavir*[tw] OR Alphapapillomavir*[tw]) AND (Protein[tw] OR Proteins[tw]) AND Immunogen*[tw] AND (synthes*[tw] or design*[tw])

Deze artikelen ontbreken dan in de ovid resultaten:
("10630789" or "12700045" or "19407149" or "1719234" or "9191325" or "22027487" or "8077947" or "18853768" or "8627247").an.

Deze zitten echter wel in Ovid. Maar daar zie ik dat zij chemical synthesis als subheading hebben.

Als ik dan ga zoeken op .mp,fs. levert dat geen extra hits op. Er is geen veld voor woorden uit de subheadings of wel?

Zoek ik echter op
(((("Human papilloma" or wart* or condyloma* or verruca*) adj3 (virus* or viral)) or HPV* or "Human papillomavir*" OR Alphapapillomavir*) and Protein* and Immunogen* and (chemical synthesis OR synthes* or design*)).mp,fs.

Dan levert dat 77 hits op, waaronder bijna alles van die ontbrekende artikelen, behalve een artikel dat nog geen mesh terms heeft in ovid en wel in pubmed (dus verklaarbaar).

Toch is het vreemd dat je een constructie moet maken als chemical synthesis OR synthes*. Omdat het woorde synthes* helemaal in chemical synthesis zit zou je dat zo toch moeten kunnen vinden?

Aantekeningen Summon gebruikersdag 23 maart 2012 Eindhoven

2012-03-23T21:52:00.003+01:00

presentatie Helle Lauridsen What's new in Summon

uksg summon bootcamp mogelijkheid om met programmeurs te praten

meer dan 1 miljard records in summon, zorgt dat de relevantie sortering nog veel belangrijker wordt, hoe meer hoe beter de relevantie moet zijn.

helle uses one term searches in her examples, 90% of google searches are one term searches, then the relevance ranking doesn't quite work, zoeken op nursing levert in de eerste pagina alleen resultaten op die exact de titel nursing hebben. often even lacking an abstract. daarna op datum gesorteerd, en dan pas andere records. relevance ranking niet heel specifiek, veel records met dezelfde ranking.

relevance ranking

refernce works (encyc britt) hoger geranked, vooral wanneer je op een element zoekt. zit er meer verschil in bron? ik kan me een presentatie herinneren waarin gezegd werd dat een van de uitgangspunten van summon juist was dat er geen onderscheid werd gemaakt tussen bronnen, net als google (terwijl google dat ook wel doet, en daar juist zijn relevantiesorteringen voor een groot deel op baseerd).

static ranking record type content type year
dynamic ranking waar staat het woord in het record.

maar statisch ranken belangrijk binnen medische bibliotheken cochrane belangrijke vorm. en welke soorten zijn minder belangrijk.

--> ideen over statisch ranken opsturen naar helle, dan gaan ze er mee aan de slag, was een goed idee

dedupliceren is lastig maar wordt wel gedaan, maar blijven toch altijd dubbelen achter, gebeurt eerste heel specifiek en later groffer. niet echt dedupliceren, maar meer mergen, zodat geen informatie verloren gaat.

WoS zit er nu in, Scopus komt er aan. moeten nog een extra export functionaliteit bouwen, zodat ook de citaties er in komen.

discipline facets, libguides bronnen wordt een code meegegeven voor welke soort publiek het interessant is. niet iedere ertikel getagged maar per bron.
alleen maar met de widget in gebruik. je kunt zelf de disciplines samenstellen, dat gaat op bronniveau, of kun je daar een standaard filter voor instellen?

--> actie: ronald hierover mailen, dan kan ik het een keer gaan testen met het widget

meer info

summon mailing list is het beste om nieuwe ideeen te ventileren, veel ideeen komen daar vandaan en worden door meer mensen ondersteund, daarna overgenomen door summon medewerkrs

als je een print boek in je collectie hebt kun je zoeken in de full text van de e-books, ook al heb je geen toegang tot de e-books.

Patron Driven Acquisition voor e-books mogelijk in summon, zet je de bibliotheek aan, en de klant kan het dan aanschaffen, of de bibliotheek als tussenpersoon, je kunt de optie uit of aanzetten, zodat alleen de biliotheekmedewerker het ziet, of zodat iedereen het ziet.

Hoe te zoeken in PubMed: [tw] of [tiab] en [MeSH]

2012-03-06T23:37:00.004+01:00

In reactie op mijn vorige bericht waarin ik aangeef [tw] te gebruiken kwam een vraag waarom ik liever [tw] gebruik dan [tiab] en [mesh]. Hier zal ik dat uitleggen.

Hoewel je ook een hele discussie kunt houden over het zoeken met veldnamen of het gebruik van Automatic Term Mapping zijn we het er allemaal waarschijnlijk wel over eens dat je PubMed alleen systematisch kunt doorzoeken wanneer je gebruik maakt van veldnamen (als mensen het daarop met mij onseens zijn, graag reactie, dan wijd ik daar ook nog een keer een blog aan).

Zoeken op het veld [tw] doorzoekt 3 velden: title, abstract en mesh terms. Bij Mesh wel de aantekening dat alleen op platte tekst wordt gezocht en niet op explode.

Als je dus geen gebruik wilt maken van de explode functie van [mh] levert zoeken op [mh] niet meer (relevante) hits op dan zoeken op [tw]. een keer je zoekwoord met [tw] erachter is korter, dus verdient mijn voorkeur, waarom een lange zoekregel als het kort kan.

Bijvoorbeeld wanneer je zoekt op dupuytren*[tw] vind je alles wat je vindt in (dupuytren contracture[mh] OR dupuytren*[tiab]). Bovendien vind je ook nog hits met personal names as subject Dupuytren G.
(Merk op dat je met Dupuytren* zonder veldnamen erg veel ruis krijgt, omdat je dan alle publicaties van het Dupuytren ziekenhuis in Limoges vindt).

Een zoekactie als child[tw] is weer minder mooi, want dan krijg je ook bijvoorbeeld parent-child relations[mh], en wie misschien is dat niet relevant voor je vraag. Dan kun je beter zoeken op de specifieke [mh] die wel relevant is in combinatie met [tiab].

Ook wanneer je een brede mesh term zoekt, zoals bijvoorbeeld dementia, kun je beter wel exploden, maar het hoeft niet altijd. Kijk bijvoorbeeld eens naar infusion*[tw]. Alle termen onder parenteral infusions bevatten het woord infusion, dus hoef je niet te exploden (behalve dan hypodermoclysis, wil je dat meenemen of niet).

Pharmaceutical actions niet gevonden in text word search in PubMed

2012-03-06T23:13:00.003+01:00

Vreemd, als ik zoek op [tw] in PubMed, de manier waarop ik dat meestal doe (tenzij je gebruik wilt maken van de explode van [mh] of het gezocht woord in veel niet-relevante MeSH termen voorkomt, maar daar kan ik nog wel een hele blogpost aan wijden) vind ik niet de artikelen waar dat woord als [Pharmaceutical Action] staat.

Dat zou toch eigenlijk wel moeten, textword wil eigenlijk toch vooral zeggen dat het om een inhoudelijk veld gaat (in tegenstelling tot [all fields]).

Literatuurzoeken: het probleem van afkortingen

2012-01-27T11:52:00.003+01:00

Ik deed onlangs een zoekactie naar sentinel (lymph) node. Omdat ik ervan uitga dat een afkorting nooit gebruikt mag worden wanneer je niet eerst de volledige term hebt uitgeschreven volstond

sentin* NEAR/3 node*

Echter omdat ik zo weinig hits kreeg (met twee andere elementen erbij slecht 12 in PubMed) ging ik wat verder puzzelen, en zocht ik of sentinel ook zonder node* voorkwam. Toen kwam ik een aantal artikelen tegen met de tekst 'sentinel LNs'. Lymph Node was al eens eerder genoemd in de samenvatting, en nu ging het over de sentinel vorm.

Had ik dit artikel toch bijna gemist.

Iets dergelijk overkwam mij met de Clock Drawing Test. De afkorting CDT kan veel betekenissen hebben en is dus niet bruikbaar maar er was wel een hoog relevant artikel dat ik niet wilde missen, zonder teveel ruis te krijgen. Ik zocht daarom op:

CDT AND (clock* OR draw*)

Op die manier kun je toch de juiste afkortingsbetekenis selecteren. Het had in het eerste geval overigens niet geholpen, want de afkorting SLN was nergens in gebruik.

Dan kom ik wel weer op een artikel waar dan staat 'Sentinel (first tumor-draining) lymph node (SLN) biopsy'. Ja als auteurs dan zo ingewikkeld gaan doen moet je niet klagen dat je artikel niet gevonden wordt ;-)

PubMed myNCBI shared collections omzetten naar een PMID lijst

2011-12-16T11:12:00.002+01:00

Ik heb van een klant een MyNCBI collectie gelinkt gekregen die ik wil vergelijken met een zoekactie die ik voor haar heb gedaan.

Normaal gebruik ik dan Display Settings > PMID list, maar dat werkt hiet niet.
Send to Clipboard werkt niet.
Versturen naar EndNote kan ook niet, want Send to file kan alleen als Summary of XML.

Ik heb het dan maar zo opgelost dat ik send to file met opmaak Summary. Vervolgens de tekst 'PubMed [citation]' vervangen door een ^p (harde return) omdat anders het PMID niet op een nieuwe regel begint. Dan de tekst sorteren en het gedeelte dat begint met PMID eruit knippen. Dan nog twee keer zoek en vervang om er een mooie lijst van te maken, die plakken in PubMed en dan heb je er 68 van de 74 gevonden.

Dat zou toch makkelijker moeten kunnen? Waarom hebben ze dat zo dichtgezet?

Wat scopus wel kan (kon) en Web of Science niet

2011-10-05T17:22:00.003+02:00

Ik had een handig truc ontdekt voor de evaluatie van tijdschriftabonnementen. Helaas is Scopus geupdate en werkt het nu niet meer. Ik heb het ze al gemeld, hopelijk zetten ze het snel weer terug.

In Scopus zocht ik op affiliation Erasmus MC, en selecteerde de artikelen die onze medewerkers in het afgelopen jaar hebben gepubliceerd. Vervolgens vroeg ik de gerefereerde artiekelen van al die hits op (dat gaat helaas maar van 2000 tegelijk).

Daarmee kreeg ik de 58000 artikelen waaruit onze medewerkers het afgelopen jaar hebben geciteerd! Dat is een interessante lijst! Beter dan de statistieken, want hier zie je aan welke tijdschriften werkelijk behoefte is.

Helaas houdt het nu hier op. In het verleden kon ik met de limits prachtig bekijken in welke tijdschriften deze artikelen gepubliceerd waren (alleen het exporteren naar excel was erg lastig). Sinds scopus een update heeft uitgevoerd gaat het exporteren naar Excel met een druk op de knop, maar nu zijn juist de waardevolle gegevens van de tijdschrifttitels uit de limits verdwenen.

Web of Science komt hier niet in de buurt overigens. Daar houdt het al op bij het vinden van de artikelen die onze organisatie heeft geschreven, want je kunt van die lijst niet in een keer alle gerefereerde artikelen downloaden.

BSGR maakt een zootje van de #WOZ (kassa!)

2011-09-15T22:23:00.005+02:00

Bezwaar ingediend tegen de WOZ van vorig jaar. Blijkt de WOZ waarde in het taxatierapport opeens €25000 onder de waarde te liggen waarop de berekening van de gemeentelijke belastingen is gebaseerd.

Voor dit jaar ook bezwaar aangetekend, staat er nu op de site ook een taxatie die doodleuk €11000 lager is dan die waarop mijn belastingen zijn gebaseerd. Wat een zootje maken ze ervan!

KASSA!
Gelukkig had de afhandeling van mijn bezwaar van vorig jaar zolang geduurd dat ik ze in gebreke kon stellen. Het duurde toen nog zolang dat ze mij de maximale boete van €1260 moesten betalen (dat was meer dan de hele gemeentelijke belasting).

Refworks niet geschikt voor het echte werk

2011-08-02T17:17:00.000+02:00

Als informatiespecialist help ik meerdere keren per week klanten regelmatig met het uitvoeren van literatuuronderzoek voor systematic reviews. Hiervoor importeer ik grote aantallen referenties uit PubMed, Embase en nog wat meer databanken, dedupliceer die in EndNote en geef het bestand mee aan de klant, de onderzoeker die de systematic review gaat uitvoeren.

Veel universiteiten stappen momenteel over op RefWorks. Het biedt veel voordelen waarvan de grootste is dat het volledige webbased is. Ook zou het gebruiksvriendelijker zijn omdat je met direct export een directe koppeling hebt, zonder tussenbestand.

Echter het werk als informatiespecialist is het niet werkbaar. Importeren gaat erg traag, wanneer je voor een systematic review duizenden records moet inlezen kan dat wel een kwartier duren (terwijl de klant zit te wachten). Dedupliceren kan vervolgens op twee manieren, exact of globaal. Bij exact moeten de records exact overeenkomen, wat bij importeren uit twee databases nooit het geval is. PubMed schrijft tijdschrifttitels afgekort (J Am Med Ass), Embase voluit (Journal of the American Medical Association, of JAMA), PubMed kort paginanummers af (145-8) Embase schrijft ze voluit (145-148), PubMed kent maar twee voorletters per auteur, andere databases geven ze allemaal (om nog maar niet te spreken van namen als L. Huang.en H.Li die na onderzoek ook gelijk blijken).

In EndNote dedupliceren we daarom in meerdere stappen: eerst op auteur, jaartal, titel en pagina (de paginanummers kunnen we daar met een foefje omzetten zodat ook de PubMed records niet afkorten), vervolgens gaan we met de velden spelen, zodat uiteindelijk alle dubbelen verdwenen zijn. Wanneer je in Refworks globaal dedupliceert vind je erg veel gelijkende records toch niet hetzelfde zijn. Enorm veel werk om dat allemaal te controleren.

Het werken voor meerdere klanten is niet gemakkelijk. Je kunt folders maken, geen aparte bestanden. Oplossing zou dan zijn om de klant te laten inloggen op zijn eigen RefWorks account, en daar het importeren te doen. Het dedupliceren gaat echter over de hele database, niet per folder. Wanneer de klant bezig is met onderzoek heeft hij/ zij vast al relevante literatuur verzameld en is de klant groot dat een deel daarvan ook in deze zoekactie naar voren zal komen. Met dedupliceren haal je dan de nieuwste records weg, waardoor de aantallen die je in je artikel noemt niet meer kloppen.

Ik ben heel blij dat wij bij het Erasmus MC nog steeds EndNote kunnen gebruiken, en verkondig dat ook aan iedereen die ik over de grote voordelen van RefWorks hoor praten. Een oproep aan alle universiteiten daarom: denk na voordat je overstapt op RefWorks. Maak de grootverbruiker het werk niet onmogelijk.

iGO zet Zeeland blank

2011-07-25T14:11:00.002+02:00

Leuke App van iGO, met kaarten van Europa, maar ze weten blijkbaar niet dat de watersnood van 1953 toch weer grotendeels hersteld is. Heel Zeeland staat blank.

Gelukkig hebben ze wel de ondergelopen delen van de St Elizabethsvloed weer boven water weten te halen...

Vraag blijft nog wel waarom ze die Langeweg zo belangrijk vinden.

Tijdelijke verlaging #overdrachtsbelasting op deze manier onzinnig

2011-07-02T13:51:00.005+02:00

Het kabinet heeft aangekondigd met onmiddelijke ingang de overdrachtsbelasting tijdelijk voor een jaar te verlagen naar 2%. Wanneer je het goed bekijkt heeft dit echter maar ongeveer een half jaar effect op de woningmarkt. Ik zal dat uitleggen:

Als ijkpunt wordt de uiteindelijke datum van overdracht, dus het moment dat je bij de notaris zit genomen. Mensen die nu bij de notaris zitten zijn ongeveer een half jaar geleden op huizenjacht geweest, en hebben toen die beslissing genomen om een huis te kopen, wetende dat daar 6% overdrachtsbelasting bij kwam. Die krijgen nu met terugwerkende kracht een cadeautje wat niets toevoegt aan de kwakkelende huizenmarkt.

Mensen die nu gebruik willen maken van de goedkopere overdrachtsbelasting moeten nu als een gek naar een huis gaan zoeken, is er meer vraag, dus stijgt de prijs wordt het effect van die 4% weer te niet gedaan.

Bovendien moeten ze dan wel nu binnen een half jaar ongeveer een voorlopige koopacte hebben getekend, om over een jaar bij de notaris te kunnen zitten.

Het kabinet had beter nu kunnen aankindigen in 2012 de overdrachtsbelasting te verlagen, dan gingen mensen nu kijken en de koopacte in 2012 tekenen. dan heb je een heel jaar de huizenmarkt opgekrikt.

overstap aansluitingen in de trein ( @ns_online )

2011-07-01T13:16:00.002+02:00

Ik vraag me nog steeds af wat het nut is van het omroepen van overstap mogelijkheden in de trein. Vanochtend kwam ik om 8.35 aan Rotterdam Centraal. Er werden heel veel mogelijkheden omgeroepen die allemaal rond 9:00 zouden vertrekken, waaronder de trein naar Parijs. Me dunkt, als je naar Parijs gaat check je dat toch wel voor je vertrekt. En als je 20 minuten overstaptijd hebt heb je tijd genoeg om de borden te checken...

Wat wel nuttig is: treinen omroepen die binnen enkele minuten vertrekken en die met een sprintje nog gehaald kunnen worden. Je hebt dan geen tijd om op de borden te kijken, maar kunt met die informatie nog wel een niet gegarandeerde aansluiting halen, zodat je mogelijk eerder op je bestemming bent.

Rabobank lijkt zelf wel te phishen

2011-06-07T23:12:00.003+02:00

Mijn creditcard was volgens een brief van de Rabobank gebruikt voor mogelijk frauduleuze handelingen, en derhalve geblokkeerd, melde mij een brief. Erbij een telefoonnummer dat gebeld kon worden om eea op te lossen.

In goed vertrouwen belde ik het nummer, en ik kreeg de Rabobank cardservice aan de lijn. Mevrouw vroeg om mijn cardnummer, dat gaf ik haar. Ze vroeg mijn naam om te checken of ze de juiste persoon voor zich had. Vervolgens vroeg ze mijn adres, ik noemde postcode en huisnummer, nee ze had ook straat en plaatsnaam nodig. Vervolgens vroeg ze mijn geboortedatum...

Op dat moment werd het mij te gortig. Ik zei: 'Ik bel toch wel met de Rabobank? Mevrouw u stelt mij teveel vragen, wie zegt mij dat u bent die u zich voordoet'.

Ik heb de verbinding verbroken en heb mijn lokale Rabobank gebeld. Daar vertelde men mij dat mijn card inderdaad geblokkeerd was en men verbond mij door met dezelfde cardservice. Dezelfde vragen die ik nu wel heb beantwoord, inclusief het rekeningnummer waar de bedragen vanaf werden geboekt.

Dat zou ook anders moeten kunnen toch: vraag alleen naar de letters van de postcode, de dag van geboorte en de laatste 3 cijfers van het rekeningnummer, dat moet toch voldoende zijn?

Dat nog niemand op het idee is gekomen eens zo tegaan phishen verbaast mij, of zie ik dat over het hoofd? Zo kom je wel aan iemands persoonlijke gegevens.

Ik ben wel trots op mijzelf dat ik hier niet met beide benen in trapte (hoewel het geen oplichting was dit keer).

Meneer van Dalen zoekt anders in PsycInfo

2011-04-15T09:55:00.004+02:00

Meneer Van Dalen Wacht Op Antwoord is bekend in de wiskunde. Ook in zoekacties van databases geldt iets dergelijks bij de volgorde van Booleaanse operatoren. OR wordt in de regel afgehandeld voor AND.

Ik had een fout gemaakt in een zoekactie. Op twee pagina's met termen ontbrak een klein woordje OR, die werd dan automatisch en onzichtbaar vervangen door een AND. Maar daardoor kwam ik er achter dat PsycInfo het blijkbaar anders ziet. Invullen van het ontbrekende OR leverde maar 3 hits meer, terwijl in PubMed en Embase in plaats van 500 meer dan 3000 artikelen werden gevonden.

Blijkbaar ziet PsycInfo A OR B C OR D als A OR (B AND C) OR D, terwijl PubMed en Embase er (A OR B) AND (C OR D) in lezen. Vreemd! Het blijft dus zaak je haakjes goed te plaatsen.

PubMed en alternatieve geneeskunde, geen succes

2011-04-07T11:26:00.003+02:00

Ik deed vandaag voor een klant een literatuuronderzoek naar alternatieve geneeswijzen bij Sjögren. In PubMed resulteerde dat in 18 artikelen. Embase daarentegen kwam met 300 artikelen. Wat een enorm verschil. Blijkbaar is alternatieve geneeskunde bij PubMed nog niet zo geaccepteerd als bij Embase.

Overigens ook niet zo bij de Nederlandse professie, als je ziet wat de klant onlangs allemaal bij haar promoite over zich heen heeft gekregen (ik noem uit privacy overwegingen geen namen).

PubMed en phrases

2011-03-31T14:29:00.004+02:00

Ik word niet goed van die frasen in PubMed.

Vanochtend wou ik zoeken op "use of health care". Nee hoor, dat kennen we niet meneer, u moet zich vergissen. En als ik het aan google vraag vindt ie er duizenden op de site van PubMed.

Vanmiddag zoek ik iets over MRI tussen de chemotherapie en operatie in, dus "after chemoradiation[tw]". Nee hoor, dat bestaat niet, we zoeken wel op after[all fields] en chemoradiation[tw]. En google? Die vindt er 700.

Waarom willen wij bepalen wat geldige frasen zijn? Maken ze het zichzelf zo niet extra moeilijk? Het is in elk geval erg frustrerend.

Google maakt onderscheid in leestekens

2011-02-21T14:16:00.002+01:00

Ik zocht gisteren een pagina op mijn eigen site om een effect te bekijken. Ik kon de pagina niet vinden terwijl het woord er zeker in stond. Blijkt dat wanneer je toetsenbord op de verkeerde taal staat ingesteld dat invloed heeft op de zoekresultaten.

Ik zocht op foto`s station nunspeet, maar mijn pagina met foto's van station Nunspeet stond er niet tussen. Het bleek dat mijn toetsenbord op Dutch stond ingesteld. Even Ctrl-Shift zorgde dat ik in plaats van een accent aegu netjes een rechte quote kreeg en voila, met foto's station nunspeet kom ik er wel.

Vreemd!

PubMed straft kennis van MeSH terms af!

2011-01-26T13:38:00.002+01:00

Voor de Automatic Term Mapping van PubMed is het in je nadeel wanneer je weet hoe de MeSH term luidt. Geef je niet de echte MeSH term in maar een synoniem, wordt namelijk automatisch gezocht op dat synoniem als vrije tekst, de MeSH term als MeSH en de MeSH term als vrije tekst. Je krijgt dan meer resultaten.

Erythrocytes	"erythrocytes"[MeSH Terms] OR "erythrocytes"[All Fields] OR "erythrocyte count"[MeSH Terms] OR ("erythrocyte"[All Fields] AND "count"[All Fields]) OR "erythrocyte count"[All Fields]	176779
Red Blood Cells	"erythrocytes"[MeSH Terms] OR "erythrocytes"[All Fields] OR ("red"[All Fields] AND "blood"[All Fields] AND "cells"[All Fields]) OR "red blood cells"[All Fields] OR "erythrocyte count"[MeSH Terms] OR ("erythrocyte"[All Fields] AND "count"[All Fields]) OR "erythrocyte count"[All Fields] OR ("red"[All Fields] AND "blood"[All Fields] AND "cells"[All Fields])	200052

Dus maak je gebruik van Autmatic Term Mapping kies dan niet voor de MeSH benaming van je term, maar kies juist voor het belangrijkste synoniem.

Toch... geen van de zoekopties met ATM vindt wat je vindt wanneer je zoekt met veldnamen op:

red blood cell*[tw] OR erythrocyt*[tw] OR erythrocytes[MeSH] (224684)