O projecto começou por ser desenvolvido na universidade do estado de Washington, em colaboração com a Microsoft. Tinha por objectivo inicial ser um substituto do MS Paint, no entanto ainda sustentado pelos alunos que o criaram, tornou-se num poderosíssimo e eficiente programa de manipulação de imagem

Uma das vantagens deste programa são os plugins, qualquer pessoa pode fazer um plugin para o paint.net, uma simples olhadela nos fórums e na secção Plugins esclarece isso, não se deixem enganar pelo aspecto simples do programa

O projecto foi criado em 1995 por Spencer Kimball e Peter Mattis e hoje é mantido por um grupo de voluntários; é licenciado sob a GNU General Public License. Algumas das funcionalidades desta ferramenta são:
efeitos diversos com os script-fus (efeitos criados por diversos programadores e disponibilizado gratuitamente para o melhoramento da ferramenta); trabalha com camadas ( layers); captura de imagens; possui uma quantidade enorme de texturas disponíveis; lê e grava nos principais formatos de imagens como .jpg, .tif, .bmp, .png, etc; possui janelas destacáveis, ou seja, podemos estar a trabalhar com várias janelas com diversas ferramentas e imagens abertas; existe uma quantidade enorme de efeitos disponíveis;