The strategy is the following. We will use the nohup command to let the server do the simulations while we will turn off our computer. Without the nohup, turning off your computer would result in breaking the ssh connexion, and thus, the matlab/comsol processes that were running. Another solution could have been the use of the command screen.

First you have to be sure that you Matlab script won’t output graphical windows which would need X to be printed. If such windows appear during your calculation, then the script would have to stop. In order to prevent java windows to be created, add this at the beginning of your Matlab script :

• flreport(‘off’)

Second, you have to force your script to close the matlab process after the simulation. So you have to add this at the end of your script :

• exit

Now, you just have to create a directory for your simulation of the day, upload all your script’s files, and launch the following command via a terminal when you’ll be located in your simulation’s folder :

• nohup comsol matlab -ml -nodesktop -ml -nosplash -mlr “Script_matlab” &

Note : here we assumed that the script was called Script_matlab.m. Be carefull, and don’t forget to remove the extension “.m” when you use nohup.

Dans ce chapitre l’auteur parle des rythmes biologiques animaux. Il explique l’action des hormones jouant dans les mécanismes ciracadiens, et fournit des conseils pour faciliter des changements de rythmes forcés (Jet Lag , cycle entreprise 3-8, …) 

Michel Siffre est le premier cobaye de tests sur les rythmes biologiques. Il est resté 7 mois dans une cave du Texas sans horloge.  On a put grâce à lui mettre à jour que le cycle naturelle d’un être humain est de 25h et non de 24h.

Jean-Jacques Dortous de Mairan a montré que les tournesols tournaient même dans l’obscurité.

…. article non finis. Ecrit en Aout 2009, je n’ai plus la ressource sous les yeux pour le finir. Désolé

To correct this behaviour, one should first start a problem by using the Scattered Formalism Equation Resolution. If you already have your setup, just go to Physics > Properties and change the Field Type to ‘Scattered xxxxx waves’ (where xxxxx is your polarization system : TE, TM or hybrid).

Now, instead of including a source inside your setup, Comsol will use a theoretical field that we have to define. With this formalism, no boundaries problem can appear again.

First create your setup, and add your PML. As an exeternal boundary condition, choose Scattering Boundary Condition (and specify the type of field you want to use). For a regular geometry there is no difference with the initial condition (ie. Perfect Electrice Conductor), but I guess that differences could appear if your domain is a little bit tricky.

Now you have to tell Comsol what is the field that you want to use. For that, just go to Physics > Scalar Variables and change H0iz_rfweh. Now, you should want to use a plane wave or a cylindrical wave :

• Plane wave : use exp(-j*k0_rfweh*(cos(alpha)*x+sin(alpha)*y))

- you have to define alpha \in (0, 2*pi), the angle of incidence in Options > Expressions > Global Expressions.

• Cylindrical wave : use besselj(0,k0_rfweh*(r))

- you have to define r = sqrt((x-xc)^2+(y-yc)^2), the center of your source in Options > Expressions > Global Expressions.

- you have to define xc and yc, the coordinates of your source, in Options > Expressions > Global Expressions.

Hope this will help.

Any feedback appreciated.

Initial Setting : Simple simulation using Comsol

This tutorial will allow you to compute the scattered field of an ideal magnetic conducting circle in 2D. First, let’s design a square with PML around to absorb the outgoing light. Create a problem using Plane TM waves (we will change this latter to scattered TM waves, but the tutorial was made for an initial TM problem, and not for Scattered TM). We will assume you know how to use Comsol as a beginner user, so you know how to design the following structure :

• a square centered in (0,0), of length 0.2
• 4 additional rectangular borders to this square, of thickness 0.02
• a centered circle of radius 0.01
• a centered circle of radius 0.8

Basic Setting

Now you should modify the design a little bit in terms of properties. First, select the big circle, and transform it to a curve (“Coerce to curve”). You should also remove the small circle from the main substrate to latter change its properties. In order to do that, select the small circle and the main square, and click on “difference”. Then, add some cartesian PML to the 4 rectangles : Physics > Subdomain settings > select the areas > PML > Cartesian >  Try to figure out which PML you need to inser (left/righ absorb along x, top and bottom along y, corners along x and y directions)).

The following image shows the resulting construction. In order to highlight the construction I changed my Options > Preferences > Visualization, and checked the “Render Face” button.

Normal Setting

Collecting the Far-Field

In order to collect the far field using Comsol Multiphysics, you need to change some “Physics” values. First, let’s explain what will be our simulation case. A plane wave will come from the inner-left boundary of the small square. We will use TM waves, with Hz=1 A (magnetic field) emerging from this inner boundary. So the source is located on x=-0.1. We thus need to indicate this to comsol. Go to Physics > Scalar variables > Change the value of H0iz_rfwh to exp(-j*k0_rfwh*(x+0.1)).

Now we need to indicate Comsol that we want to integrate the far field on the big circle we draw during the first step. Modify the Boundary settings to add a far fiel value, called Efar on the curves representing the circle.

Efar is defined on the big circle

Note that you just need to write the name of the variable Efar, and comsol will automatically create resulting variables.

Next you need to inser a relation to get Hfar from Efar. Indeed, we are looking at the magnetic field, Hz, and not at Ez. Go to Options > Expressions > Global Expressions. Add the following expressions :

• r : sqrt(x^2+y^2)
• Hfar : (x/r*Efary-y/r*Efarx)*sqrt(epsilon0_rfwh/mu0_rfwh)

Now you are almost done. To get a better scattered result, you need to change the way comsol solve the problem. go to Physics > Properties > change Field type to Scattered TM.

You can finally start the solving process.

Visualizing the scattered far-field

You can now visualize the scattered field in the Plot paramaters > Surface section (Scattered Magnetic Field, z component). Nevertheless, the great feature is that you can now plot an angular far field plot using matlab.

First, in Comsol, Postprocessing > Domain Plot Parameters > Line/ Extrusion > select the big circle’s curves. In the y-axis data, change the expression to abs(Hfar). In the x-axis data, select “Expression” and inser the following expression “atan2(y,x)“. It is used to display the data along the circle, using an angular representation. Clik Ok, you should get something similar to the following.

Hfar using comsol

In order to visualize this with Matlab, click on th ASCII button, and save the plot data on your computer. Let’s call it scat_circ.txt. Open Matlab. Import this data : File > Import Data > select scat_circ.txt (then Next , then Finish).

Now, just use the following command lines :

• scat_data=sortrows(scatt_circ);
• rho=scat_data(:,2);
• theta=scat_data(:,1);
• polar(theta,abs(rho))

You should get the resulting :

Hfar of a scattering circle using Matlab

To follow : You can also compared the resulting field with a theoretical diffracted circle. In the following article, I will explain how to compute the scattered field of a circle theoretically.

Le but d’un multi-sites est d’avoir un seul répertoire contenant le code de base, et plusieurs répertoires de petite taille comportant les éléments particuliers à chaque sites. Ce procédé est intéressant si vous construisez souvent vos sites à partir d’un même système de modules (exemple la même galerie, le même composant de forum, etc.). Les avantages concernent la mise à jour qui devient centralisée et plus rapide par conséquent.

Le principe

Imaginons que votre répertoire de base est /www. Tout d’abord, il est nécessaire de créer un répertoire /www/drupal qui contiendra les fichiers d’installation de base (dézipper le contenu du fichier téléchargés sur le site de Drupal).

Imaginons que vous ayez à créer deux sites web : site1.com et site2.com. Avant de continuer la configuration, ilfaut rediriger vos noms de domaine vers deux dossiers spécifiques à ces sites. Par exemple, /www/site1 et /www/site2 Ensuite, pour chacun d’eux, il est besoin de créer un lien symbolique vers le répertoire drupal de base. Ainsi, nous allons d’abord supprimer les dossiers crées plus haut, puis les envoyer symboliquement vers notre répertoire de base.

rmdir /www/site1

ln -s /www/drupal /www/site1

A présent, il faut créer un répertoire dédié à chaque site dans votre installation de drupal. Le moteur de Drupal est assez fort techniquement, et se base sur le nom de votre dossier pour comprendre quel URL appelle quel dossier. Créez donc les dossiers /www/drupal/sites/site1.com et /www/drupal/sites/site2.com. Copiez, dans chacun de ces répertoires le fichier /www/drupal/sites/all/settings.php, et renseignez-y les informations concernant votre base de données.

La lecture du fichier settings.php vous apprendra qu’il est possible de partager des informations entre les différents sites. Vous pouvez par exemple avoir la même base concernant les users, ce qui permettra à vos utilisateurs de ne s’inscire qu’à un seul de vos sites!

Après cela, il faut simplement se connecter à votre site1.com, et le script d’installation se chargera du reste de l’installation.

La suite

A présent, voilà comment fonctionne Drupal. Les thèmes et modules à gérer en commun sont à placer dans /www/drupal/sites/all , et les thèmes ou modules dédiés sont à placer dans /www/drupal/sites/site1.com (pour le site1.com par exemple).

Afin de bien démarrer sous Drupal, je vous propose de lire l’article suivant, qui vous donne 11 steps indispensable après une installation de Drupal : http://timonweb.com/the-11-most-important-things-to-do-after-you-install-drupal . Il recense juste des modules assez indispensables. A vous de les placer dans /www/drupal/sites/all, mais de ne les activer sur vos sites que lorsque vous en sentez l’utilité. C’est en anglais, mais vous pouvez le traduire avec google translate si vous n’êtes pas anglophone.

But, obviously, it gets a little bit trickier when you have to add several links to an image. Moreovre, people are nowadays using a lot of  Content Management Systems (CMS) to help in developping websites. I personnaly use Joomla a lot, and this article will explain how to add an efficient Search Engine Friendly (SEF) Image Map navigation system for Joomla.

Creation of Image Map

In order to easily create image maps with Joomla, I installed a plugin for TinyMCE. You can find it on it’s google project’s page a version for :

• Tiny MCE
• FCK

In order to use it, just follow their instructions for installation, and, when you edit an image, click on the new button that has been created. It will open the imagemap plugin.

Creation of a menu system

In order to have a coherent navigation system with Joomla, I mean, to have a coherent SEF strategy, you have to create a unique link for each page.  In order to have a unique link for your content, the only solution is to use Joomla’s menu system. If you need to create two links for the same item, use an “alias” for the second one, in order to prevent duplicate URLs.

You could have avoided this menu creation if you don’t care about Search Engine Optimization (SEO), but my recommandation would be to follow the following steps.

This trick (of always using Joomla’s menu system) will allow you to publish coherent and working breadcrumbs. You won’t have the famous menu vs category dilemma.

Creation of links from article to Joomla content

The creation of SEF links with google when the SEF option is activited is not always obvious. The first trick that came in mind is to use the research tool, or to copy a link from a menu. But these options fails if our navigation system is an image and not a menu. If you unpublish the menu, the link won’t appear. If you change an alias for a menu-item you will loose the link you put in your article.

The only solution is to put a link which is not SEF. So you could unable the SEF option, copy/paste a link and activate the SEF option again. But it’s quite annoying for a hundreds of links isn’t it? So, we will use a famous plugin for that. This plugin allow you to create a link to articles in your Joomla! site when you are creating content. This plugin is called LinkR.

To use it : after the installation, when editing your article, you’ll see a new button bellow your article (click for a demo).

IMPORTANT : In order to use the trick of “menu system”, when you create a link with LinkR, don’t select an artcile (by clicking on “Article”) , but instead, the menu item you created (by clicking on “Menu”), and which is linked to the article.

Make everything working smoothly

So, you have everything installed and tested? Right, let’s go for the creation process!

• First, create your page with the image which will be your navigation system. Make a link from the menu, in order for it to be accessible.
• Second, create your content, and for each page, a link from the menu. It could be an hidden menu, so your visitors will only see the navigation image (in my case I put everything on the main menu, but the template doesn’t show more than one sub-menu hierarchy). But, when you create your content, be careful and use the “child property”, to get SEF URLs like “http://www.mysite.com/parent-menu/parent2/item“.
• Third, come back to your article with the image, and create (temporary) text links to your content, by using LinkR, and pointing to the menu items, and not the article items. Copy the URL that has been created. It should look like : index.php?option=com_content&view=article&id=23&Itemid=30 and nothing else.
• Edit your image, create your links map, and for the link, use the URL you just copied from the (temporary) text links.
• Finally you can choose to keep the text links or to remove it. I choosed to keep them to help my visitors who can’t see images. And it’s a safety measure in the case your image won’t show up.

Enjoy

It’s done. You can check that your image maps to SEF Url, that the links are going to your articles (specified by the menu), and that, if you change the menu link alias, the URL of your article will change coherently.

Moreover you can use breadcrumbs

A demo on one of my website : http://www.corsica-windsurf.com/fr/windsurf/spots-corse

Don’t hesitate to comment to ask precisions.

In addition you can use a very powerful extension, but probably not easy to use for a large amount of links : HTMLMap manager

Juste un petit billet de blog, aide-mémoire.

Je cherchais récemment à géotagger mes photos numériques, afin de les présenter de façon attractives sur mon album photo. J’avais tout d’abord fait le choix de ZenPhoto alors que j’avais en lice :

• Zen Photo : qui convient bien à mon usage par son aspect “tu peux faire plein d’albums, remplis de plein de photos de vacances/voyage ou souvenir”
• Pixelpost : qui ressemble plus, selon leur expression, à un photoblog. On y met un a deux photos par jour, et la présentation se fait sous forme de blog. Je pense qu’on peut obtenir aussi de belles galeries, mais ça demande plus de temps que je n’étais prêt à investir
• Gallery 2 : qui correspond toujours, à mon avis à ce que je recherche, mais je ne l’ai pas testé, donc je reste sur ma faim. Je pense que c’est celui des trois qui propose le plus de possibilités de création. Tant pis, ça sera pour ma prochaine installation de galerie.

Bref, je me suis donc retrouvé avec Zenphoto, et ses quelques (peu) modules pour agrémenter la présentation de la galerie. Parmi eux, un module qui place les photos sur Google Map. Sympathique mais… comment dire à mes photos où elles ont été prises si je ne possède pas de matériel spécifique?

Et bien très simplement en utilisant des logiciels qui vont vous aider à le faire manuellement. Chaque photo (provenant d’un appareil photo numérique) est enregistrée avec des données EXIF. Ces données additionnelles sont là pour sauvegarder la date de prise de vue, des informations sur la photo (temps d’exposition, ouverture focale) etc. Bref, ces données EXIF peuvent aussi contenir des infos GPS.

J’utilise geosetter, mais il en existe bien d’autre. Geosetter à l’avantage d’avoir un affichage de googlemap dans son interface, et le désavantage de sauvegarder les photos modifiées à une lenteur impressionnante. Un autre point négatif (qui se règle peut être dans les paramètres, mais je n’ai pas réussi) concerne les copies de sauvegarde qu’il fait de vos photos. Après avoir géotagger tout un répertoire, votre disque dur en prend un coup car tous les fichiers ont été dupliqués, juste pour assurer une sauvegarde.

Donc voilà, vous pouvez à présent géotagger vos photos, et utiliser cette fonctionnalités sur FlickR par exemple (enfin, ça a pas l’air immédiat sur FlickR, mais en cherchant un peu vous pourrez y arriver). Bonne manipulation!

L’histoire du clavier “qwerty” remonte au XIXème siècle lors de l’invention des première machines à écrire. Les utilisateurs tapaient trop vite, et les tiges des touches contiguës se bloquaient régulièrement. Ainsi, pour éviter cela, une répartition séparant le plus possible les touches usuelles, et ralentissant la frappe a été mise au point : le qwerty!Afin de s’adapter au marché français, on en a fait de même avec notre répartition azerty. [Pour en savoir plus, lire la page Azerty ou Dvorak ? de algo.be]

Machine à écrire Remington Credit : http://www.collection-machineaecrire-campiche-hermes.ch

Le Dvorak-FR

Mais alors, comment avoir un clavier efficient? La réponse s’appelle “Dvorak“. Il s’agit d’un clavier où les touches les plus fréquentées sont rapprochées, afin de faciliter la frappe en augmentant sensiblement la vitesse. Grâce à lui, on peut sensiblement augmenter sa vitesse, et réduire les mouvements des doigts, et donc les fatigues/problèmes liés à une frappe longue. Le Dvorak a été inventé dans les années 1930 et n’est toujours pas répandu! La version française n’est pas encore officialisée (à ce que j’en sais, même si j’ai lu quelque part des groupes qui pensait à déposer le modèle) mais on peut en retrouver un modèle sur algo.be : disposition Dvorak-fr.

A présent, comment faire? Personne ne vend de clavier Dvorak. Les interfaces homme/machine sont vraiment très en retard par rapport à ce que l’on pourrait attendre. On s’émerveille devant l’écran tactile de son iphone, mais on est même pas capable de proposer des répartition claviers plus récentes que les années 1900. Bien sûr, certains pensent à demain, et inventent de nouveau systèmes :  http://www.ozwe.com .

Je vous propose de mettre à profit un vieux clavier! Après avoir démonté les touches, il va vous être possible de faire un peu de puzzle et de remettre les touches comme bon vous semble. Vous pouvez à loisir : remettre les touches de base dans un ordre proche du Dvorak-fr, soit les peindre pour avoir exactement la disposition Dvorak-fr. Pour démonter votre clavier, seul un tournevis ou une pointe pour faire levier vous sera nécessaire. Un seul point à noter : la touche espace, qui est maintenu par des petits crochets en général… mais normalement vous n’avez pas à la changer d’emplacement

Pour démonter son clavier : une simple pointe pour faire levier

Après avoir remis en ordre les touches (enfin, votre nouvel ordre), il faut expliquer à votre PC que les touches ont changé de place. Pour cela, je vous propose un petit utilitaire windows assez pratiques pour changer manuellement la configuration des touches : http://webpages.charter.net/krumsick/ . L’utilisation est assez simple. On clique sur l’emplacement d’une touche, puis on choisit dans la liste du dessous la nouvelle valeur “Keyboard Controls” -> “Choose New Remapping”. Vous faites ça pour toutes vos nouvelles lettres, puis vous cliquez sur “apply”. Un petit reboot et c’est parti pour une utilisation nouvelle de votre vieux clavier.

Le Bepo :

Après avoir écrit cet article, je me suis souvenu d’un projet plus avancé, le projet Bepo. Cette disposition clavier pour les français est, je pense, plus avancée au niveau réflexion sur le projet. Leur forum est assez rempli, et ils commencent à faire parler d’eux.

Les avantages sont les suivants (texte tiré du site officiel) :

La disposition des caractères et symboles permet de :

• « sortir » le moins de fois possible les doigts de la ligne de repos. Elle contient les caractères AUIE, à gauche et TSRN à droite. En bépo les deux tiers de la frappe se font sur la ligne de repos contre un peu plus de 20 % en azerty ;
• répartir équitablement le nombre de frappes entre main gauche et main droite ;
• réduire la distance totale parcourue par les doigts de moitié vis-à-vis de l’azerty ;
• réduire le nombre de digrammes à une main (¡ chiffres !) ;
• ne jamais avoir recours à la rangée du haut du clavier (chiffres et symboles) pour un texte en français ;
• utiliser tous les types de claviers (dont les claviers ergonomiques qui ont la plupart du temps 104 touches) sans perte d’efficacité ;
• simplifier les digrammes comprenant des caractères de la rangée inférieure du clavier, sous la main gauche (zone peu accessible sur les claviers décalés).

Il en résulte un très grand confort d’utilisation. Une impression de facilité et de moindre fatigue.

Je pense que je vais finalement partir sur un clavier Bepo, puisque leur projet semble ramener beaucoup plus de monde que le Dvorak-fr.

Note : Améliorer sa position pour l’utilisation prolongée d’un ordinateur

En guise de note, j’aimerai vous proposer les conseils d’utilisations quotidiennes d’un PC pour éviter les problèmes de santé : http://www.algo.be/ergo/conseils.htm

Pour en savoir plus je vous conseille la lecture de BlogMotion sur le thème “Réparer un pixel mort“.

Pour réparer mon problème j’ai utilisé UDPixel de Samuel Larché. Ce logiciel permet de stimuler votre pixel (affichage cyclique de différentes couleurs) pour le faire revenir à la vie. La vitesse de rafraichissement est essentielle, mais je n’ai pas su la trouver de façon rationnelle. J’ai testé différentes vitesses, pour trouver au final que 40/s était celle qui marchait pour moi. Je l’ai laissé tourné2 jours pendant que je travaillais, et le pixel mort a disparu.

Voilà, je vous souhaite autant de chance que moi, et une bonne lecture du blog